検証済みの観測結果

検証結果に基づく、限定的な性能情報

掲載している数値は、SHA-256で検証された解析記録に基づいています。特定の計算環境と固定された入力データで得られた結果であり、一般的なCPU／GPUの速度差を示すものではありません。

ERR188044全リードを用いたGPUアラインメント

ERR188044全リードの解析で、最大メモリ使用量はone-passで49.35 GiB、two-passで57.42 GiBでした。 — 公開データERR188044の全36,349,964ペアを、Ubuntu 24.04.4、RTX 3090（24 GiB VRAM）、128 GB RAMの環境で解析しました。各プロファイルの検証は1回です。two-passのParabricks処理は850秒でした。one-passの最終確認ではキャッシュ済みのアラインメントを再利用したため、アラインメント単独の処理時間は計測していません。

プロファイル	計算リソース	最大メモリ使用量（ホストRAM）	最大VRAM使用量	アラインメント単独の処理時間	解析結果
one-pass	42 GB / 12 CPUコア	52,991,762,432 B (49.35 GiB)	11,598 MiB	独立した処理時間は未計測	解析完了を確認
two-pass Basic	96 GB / 12 CPUコア	61,657,542,656 B (57.42 GiB)	11,606 MiB	850秒（14分10秒）	解析完了を確認。cgroupピークは80,275,611,648 B

これらの測定値は、1台の検証済みワークステーションと1つの固定した公開データセットで得られたものです。Harako-RNAseqは実行する処理が異なるため、CPU版STARと条件を揃えたベンチマークではありません。一般的なGPUの速度向上率として解釈しないでください。

Salmonの処理時間

Salmon 1.10.3と2.5.1の処理時間中央値を比較した図。1.10.3は28.20秒、2.5.1は22.66秒でした。 — ERR188044 C1 1Mの前処理済み958,978ペアを同じ実行環境で解析し、元データが一致するバージョン別インデックスと6スレッドを使用しました。各バージョンを2回ずつ実行し、実行順序を入れ替えて比較しました。n=2の参考値であり、一般的な性能差を示すものではありません。

バージョン	処理時間の中央値	再現性
1.10.3	28.1998923805 s	反復間で高い一致を示しましたが、数値は完全には一致しませんでした。
2.5.1	22.6584244570 s	反復間で同一の数値結果が得られました。

1.10.3を2.5.1で割った処理時間中央値の比は1.2445654566でした。n=2のため、一般的な性能推定には使用できません。

Salmonバージョン間の定量値の一致度

Salmonバージョン間のSpearman相関中央値は、転写産物TPMで0.953697、遺伝子TPMで0.987481、転写産物NumReadsで0.954389、遺伝子NumReadsで0.988910でした。 — 同じC1入力と実行環境を用い、実行順序を入れ替えた2回の比較です。表には比較実行Q1／Q2と中央値のSpearman相関を示します。高い相関は、両バージョンの結果を互換的に扱えることや、生物学的な真値との一致を保証するものではありません。

指標	比較実行Q1	比較実行Q2	中央値
転写産物TPM	0.9537426073	0.9536519157	0.9536972615
遺伝子TPM	0.9874856268	0.9874762280	0.9874809274
転写産物の推定リード数（NumReads）	0.9544253338	0.9543532364	0.9543892851
遺伝子の推定リード数（NumReads）	0.9889113990	0.9889087428	0.9889100709

Salmonバージョンの違いによって差が生じた遺伝子・転写産物

Salmonバージョン間で事前に定めた差の基準を超えた数は、比較実行Q1／Q2で、転写産物TPMが2,882と2,883、遺伝子TPMが733と731、転写産物NumReadsが2,929と2,925、遺伝子NumReadsが552と554でした。 — C1入力について、事前に定めた基準を超える差が認められた遺伝子または転写産物の数を、実行順序を入れ替えた2回の比較として示します。これらの差は、バージョン、実装、インデックス、実行条件の違いに影響を受けた可能性を示します。どちらかのバージョンが誤っていることや、生物学的な真値から逸脱していることを直接示すものではありません。

指標	比較実行Q1	比較実行Q2
転写産物TPM	2,882	2,883
遺伝子TPM	733	731
転写産物の推定リード数（NumReads）	2,929	2,925
遺伝子の推定リード数（NumReads）	552	554

Salmon 2.5.1は新規解析で使用する既定のバージョンです。Salmon 1.10.3も過去の解析との互換性を保つために選択できますが、反復実行の数値は完全には一致しませんでした。異なるSalmonバージョンで得た結果を、バージョン差を考慮せずに同一の解析データセットへ統合しないでください。各Runには、バージョン、コンテナイメージ、インデックス、オプション、実行順序を記録します。