fastp/
前処理後のリードと、サンプルごとのJSONおよびHTML形式のQC記録を保存します。これらは前処理の記録であり、発現変動解析の結果ではありません。
前処理と定量
salmon/<sample>/quant.sf
各サンプルについて、Salmonによる転写産物レベルの発現量、EffectiveLength、NumReadsを保存します。tximportは転写産物と遺伝子の対応表とともにこのファイルを読み込みます。
サンプル情報
正規化後のサンプル表には、サンプルID、条件、入力ファイルの対応が記録されます。データを取得した場合は、取得元のSRA/ENAアクセッション番号も保存されます。
遺伝子レベルの行列
tximport/txi.tsv
DESeq2へ入力する遺伝子レベルのカウント行列です。TPMはDESeq2の入力には使用しません。
tximport/gene_tpm.tsv
利用可能な場合に、遺伝子レベルの発現量指標としてTPMを出力します。TPMをDESeq2へ渡すことはありません。
対応関係のQC
tximportは、転写産物と遺伝子の対応に問題がないかを確認するため、対応付けとID正規化の検査結果を記録します。
DESeq2の解析状態と結果
deseq2/status.jsonには、選択された解析モード、条件ごとのサンプル数、生成された出力ファイルが記録されます。ファイルの有無だけで解析状態を推測せず、このファイルを確認してください。
deseq2/results.tsvには、発現変動解析モードでは標準的な結果列が出力されます。QC-onlyモードではヘッダーのみで、データ行はありません。deseq2/normalized_counts.tsvには、カウント行列を正規化できる場合にDESeq2の正規化カウント値が出力されます。- PCAとサンプル間距離プロットは、実行可能な場合に生成されます。MAプロット、volcanoプロット、調整p値プロット、fold-changeプロットは発現変動解析モードでのみ生成されます。
deseq2/qc_summary.tsvとdeseq2/qc_summary.jsonには、解析モードと利用可能な出力ファイルがまとめられます。
QC-onlyモードではp値および調整p値を算出・出力しません。統計的推論に用いるコントラストは無効です。結果表にデータ行は含まれず、遺伝子発現変動解析用プロットは対象外として表示され、エンリッチメント解析も実行しません。
保存されたRun情報
run/ディレクトリには、Runの再開と確認に使用する変更不可の入力情報が保存されます。主な記録は、run/config_resolved.yaml、正規化したサンプル情報、解析モードの判定情報、コマンドとログ、参照配列とアノテーションの由来情報、Gitリビジョン、run/versions.tsvです。Run開始後にGUIの設定を変更しても、これらの入力情報は書き換えられません。
保存されたRun入力が変更されないため、Snakemakeは必要な工程だけを再開できます。
自己完結型HTMLレポート
最終レポートは、Runディレクトリを基準として常にreport/report.htmlへ出力されます。サンプル情報、参照情報、fastp、Salmon、遺伝子レベルのカウント値とTPM、解析モード、QC、適用可能な発現変動解析の結果をまとめます。
レポートは静的な自己完結型ファイルです。表示にインターネット接続、外部JavaScript、フォント、アクセス解析、その他のWebリソースは必要ありません。結果ファイル、ログ、参照配列とアノテーションの由来情報も確認する場合は、Runディレクトリ全体を保管してください。